La politique de coopération de la BnF à destination du pôle associé Mer s'est traduite, depuis 1995, par l'occtroi d'une subvention annuelle permettant aux différents partenaires de compléter les collections de la BnF. Ainsi, l'UBO et la Bibliothèque La Pérouse développent une documentation de haut niveau en océanographie, biotechnologies marines, géosciences, aquaculture; parallèlement, la Bibliothèque municipale et le Service historique de la Défense (Brest) ont en charge le volet patrimonial du pôle associé. Il s'agit en l'occurrence d'acquisitions patrimoniales - ouvrages anciens et manuscrits - liées à l'histoire et à la littérature maritime (Dernières acquisitions présentées
ici) .
La dynamique du pôle associé Mer a débouché en 2005, sur l'organisation de l'exposition La Mer, terreur et fascination, en partenariat avec la Bibliothèque nationale de France.
En 2007, le Musée National de la Marine et le Service Historique de la Défense de Vincennes ont rejoint le pôle associé, ouvrant ainsi la voie à de nouvelles collaborations.